Terminados los años noventa, el Athletic entró en una década de pocos éxitos marcada por una crisis institucional y deportiva en la que estuvo a punto de descender. A partir de 2005 el club entró en una época de crisis institucional y deportiva. ↑ a b Athletic Club (ed.). ↑ «Por qué no es verdad que el Atlético lleve «100 años usurpando» nada al Athletic». Tras varias temporadas sin éxitos nacionales para el club, Pentland regresó en 1929 y diseñó el equipo que durante los años treinta conquistó cuatro campeonatos de liga y otros cuatro de copa, y lo convirtió en el más laureado de la historia del Athletic. Estas dos temporadas son recordadas por los aficionados como el «bienio negro». Por el camino eliminó a equipos como el Paris Saint-Germain, Lokomotiv, Manchester United, Schalke 04 y Sporting de Portugal, entre otros. Por otro lado, la filosofía del Athletic, no solo se caracteriza por jugar únicamente con jugadores de la tierra, sino que también y especialmente se basa en el hecho de potenciar el trabajo de cantera, en oposición a la política de fichajes masivos que realizan numerosos clubes del mundo hoy en día, como por ejemplo, el Paris Saint-Germain y el Manchester City.

↑ «Carlos Ruiz, el último pichichi del Athletic, recibe un merecido homenaje». ↑ «La historia y las camisetas». A principios de 2010, el número de jugadores vizcaínos en el primer equipo decayó considerablemente, tal es así, que el 2 de marzo de 2011 pasó a la historia como el día en que el once inicial del Athletic no presentó ningún vizcaíno en 113 años de historia. Para sustituir a Valverde en el banquillo la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, pero pronto fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). Ana Urquijo tomó el sillón presidencial y puso a José Manuel Esnal «Mané» de entrenador. Finalmente, el Athletic concluyó la Liga noveno y el entrenador Ernesto Valverde rechazó la oferta de renovación por discrepancias con la nueva junta directiva. En febrero de 2011, el por entonces presidente de Osasuna, Patxi Izco afirmó tras la renovación de Nacho Monreal: «Si viene un equipo, escucharemos la oferta. Si viene el Athletic, que pague la cláusula y punto». La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, terminó la Liga en decimoprimera posición y empezaron a surgir rumores de que existían problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos.

En los dos años que el técnico alemán dirigió al equipo este mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento y alcanzó las semifinales de la Copa del Rey tras quince años sin lograrlo, donde fue eliminado por el Real Madrid. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición. Por un lado, logró una goleada histórica en la Copa de la UEFA 2004-05 al ganar por 1-7 al Standard Lieja, aunque después cayó eliminado en dieciseisavos ante el Austria de Viena. A raíz de la eliminación en la Copa de la UEFA en febrero de 2005, las cosas empezaron a no marchar bien, ni en lo institucional ni en lo deportivo. Gracias a esa final, el Athletic se clasificó para disputar la nueva Europa League (versión renovada de la Copa de la UEFA) y para jugar la Supercopa de España contra el propio F. C. Barcelona, que de nuevo resultó vencedor. El Athletic logró finalmente su objetivo de clasificarse para la Europa League, alcanzando la sexta posición con 58 puntos, los mismos que el Sevilla F. C. (quinto) y el Atlético de Madrid (séptimo).

Al año siguiente Arrate fichó a Santi Ezquerro del Atlético de Madrid y a Andoni Imaz de la Real Sociedad. El Athletic perdió las dos finales por sendas goleadas (3-0 contra el Atlético de Madrid en la Liga Europa, y el mismo desenlace en la final de Copa ante el F. C. Barcelona), mientras que en la Liga dio un gran bajón en el último cuarto, lo que propició que terminara en décima posición con 49 puntos. En marzo de 2012, el Athletic consiguió el récord de ser el club que más aficionados ha desplazado al extranjero (exceptuando las finales), al viajar alrededor de 8000 aficionados a Mánchester para presenciar el partido de octavos de final de la Europa League, que enfrentaba al Athletic con el Manchester United. En la década de 1980 destacó el nombre de Andoni Zubizarreta, ganador de dos Ligas y una Copa con el Athletic antes de ser traspasado al F. C. Barcelona, y que más tarde se convertiría en el jugador que más partidos disputó con la selección española. En diciembre de 2010, el por entonces presidente del club, Fernando García Macua, aseguró en una entrevista que el jugador francés de la Real Sociedad, Antoine Griezmann, no entraba en la filosofía por no pertenecer a Iparralde, uno de los lugares aceptados por la filosofía.

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