En cuanto a la rivalidad contra el F. C. Barcelona, es conocido también como un clásico debido a los numerosos enfrentamientos a lo largo de su historia. A finales de los años ochenta y principios de los noventa, la rivalidad se recrudeció debido a varios fichajes del Athletic Club procedentes del club donostiarra como Loren Juarros, David Billabona, Bittor Alkiza, Joseba Etxeberria y Andoni Imaz. La década de los años ochenta comenzó con la retirada definitiva de José Ángel Iribar en 1980, quien se convirtió en el jugador con más partidos disputados en la historia del club (614), y de Txetxu Rojo en 1982, que siguió a Iribar con 541 encuentros. Para 1988 el equipo campeón de los ochenta había dejado de existir y el Athletic entró en una época de declive e incertidumbre. Históricamente, la cantera del Athletic está considerada como una de las más importantes del fútbol español y ha aportado nombres de gran relevancia en la historia de la Primera División española, tales como los técnicos Javier Clemente, Koldo Agirre, Iñaki Sáez y Ernesto Valverde y los futbolistas, José Ramón Alexanko, los hermanos Julio y Patxi Salinas, Rafael Alkorta, Genar Andrinua, Andoni Goikoetxea, Julen Guerrero, Fran Yeste, Aritz Aduriz, Andoni Iraola y el campeón mundialista Fernando Llorente, entre otros.

Disolvió la ya veterana «segunda delantera histórica» y logró conformar un equipo joven que pronto se proclamó campeón. En la temporada 1981-82 Javier Clemente se hizo cargo del banquillo y culminó la renovación de una plantilla ya veterana. Tras la desaparición del último equipo campeón, el Athletic se vio inmerso en un periodo de declive que comenzó en la temporada 1986-87, con José Ángel Iribar como técnico. Iribar falló el último penalti, que dio la victoria a los sevillanos. El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en 1992-93. Esa temporada irrumpió con fuerza el guardameta Juanjo Valencia, proveniente de la cantera, que vino a reforzar una de las posiciones más flojas del equipo. La temporada siguiente jugó por segunda vez la Copa de Europa, pero fue eliminado en los octavos de final por el Liverpool de Ian Rush que posteriormente se alzó con el título. La labor del técnico dio sus frutos y el equipo alcanzó la cuarta posición en Liga, lo que le dio derecho a disputar la próxima Copa de la UEFA, si bien su andadura europea duro muy poco, ya que cayó eliminado en los dieciseisavos de final por la Juventus y, en la Liga, se quedó en un intranscendente séptimo puesto.

Este partido no estuvo exento de polémica, pues los aficionados vizcaínos se quejaron de la actuación arbitral por no haber anulado el gol de la juve, en supuesto fuera de juego, si bien el tanto marcado por Irureta para los rojiblancos también pudo haber sido anulado por posición antirreglamentaria; de haberse anulado ambos goles el resultado global hubiese sido de 1-1 y se hubiese diputado la prórroga. Tras esto, el equipo se hundió y en los tres años posteriores no logró superar la decimosegunda posición en el torneo liguero. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que ya había participado en tres ocasiones). La temporada siguiente también abandonaron el equipo otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Goikoetxea se marchó al Atlético de Madrid, Urkiaga al R. C. D. Espanyol y De la Fuente al Sevilla F. C., y les siguieron un año más tarde Liceranzu (Elche C. F.) y De Andrés (retirado).

En 1994 José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo al delantero Jon Andoni Goikoetxea del F. C. Barcelona, al centrocampista Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta en sustitución de Jupp Heynckes, quien había decidido antes de las elecciones no continuar en el club. Durante la campaña los rojiblancos lograron alcanzar por segunda vez consecutiva la final de la Copa del Rey, que nuevamente le tocó disputar contra el equipo catalán. A mediados de 1990 los socios eligieron a José Julián Lertxundi como nuevo presidente del club y con él regresó al banquillo Javier Clemente, que casi a final de temporada fue cesado por los malos resultados y tras llamar «panda de mingafrías» a sus jugadores. Por contra, el Athletic traspasó al defensa Rafa Alkorta al Real Madrid a cambio de 350 millones de pesetas, para paliar así el déficit económico del club. ↑ «El pago de 5 millones por Zubiaurre pone fin a la peor gestión en la historia del Athletic. En 1989 el Athletic acometió el que supuso el fichaje más caro de su historia hasta ese momento, al pagar 300 millones de pesetas a la Real Sociedad por el prometedor delantero Loren, quien nunca llegó a cumplir las expectativas y su paso por Bilbao fue controvertido.