Hay que mencionar también su participación en la Supercopa Sudamericana, donde llegó hasta octavos de final, siendo eliminado por el Cruzeiro de Brasil, empató 1-1 en Medellín y cayó goleado por 8-0 en el partido de vuelta en Belo Horizonte. En 1990 Atlético Nacional llegó a la semifinal de la Copa Libertadores, instancia en la que fue eliminado por el Olimpia de Paraguay, equipo al que un año antes había vencido en la final del mismo certamen. Para comenzar la nueva etapa del equipo, fue escogido Francisco Maturana, camisetas de futbol replicas exjugador del club. En 1996 la Organización Ardila Lülle compró al club y se convirtió en el primer club de Colombia en tener un respaldo del mercado privado en el fútbol. Al mismo tiempo, en el torneo local los resultados no se dieron ya que quedó séptimo de la tabla general, y se quedó por fuera del cuadrangular final. El 25 de noviembre de 1980, se celebró un partido homenaje en su honor, en el estadio Vicente Calderón, con el que se despidió de la afición colchonera. El partido se mantuvo 0-0 hasta un extra tiempo prolongado al máximo, un tiro libre cobrado por Alberigo Evani al minuto 119 le dio a victoria a los europeos.
La alegría duró poco, ya que en el minuto 60, Escolá consiguió burlar a Blanco, primero, y a Mesa después empalmando una soberbia media vuelta que terminó en un gol de bandera. En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedó tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación. Ya en el torneo colombiano, la historia fue casi la misma. En el Torneo Apertura quedó segundo con 36 puntos, en el Torneo Finalización quedó sexto luego del cambio de entrenador de Reinaldo Merlo a Luis Fernando Suárez. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. Además ese mismo año se produjo el debut de Víctor Hugo Aristizabal, el 13 de agosto, frente al Pereira. América de Cali que consiguió su título número doce en ese momento. Atlético de Bilbao, cediendo así el liderato al Celta de Vigo con el que empataban a doce puntos.
En el partido de ida en Medellín, Atlético Nacional cayó goleado 0-4 con San Lorenzo de Almagro, el juego de vuelta finalizó 0-0 en Argentina. Falta que pone en juego Joao Félix, remate Giménez de cabeza y despeja Duarte. El 6 de abril, fue inaugurada la Escuela de Fútbol de Nacional, a la cabeza de Francisco Maturana. Segunda División B del fútbol español, abandonando la entidad aragonesa a la conclusión de aquella temporada. El segundo partido contra Emelec, en Guayaquil terminó también 1-1. El tercer partido del grupo, contra Deportivo Quito en el estadio Atahualpa terminó también 1-1. El 7 de marzo, en Medellín cayó 0-2 ante Millonarios. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo, perdió 0-2 en el Atanasio Girardot y empató a un gol en el Morumbí. Al final, los rojos del Valle fueron los campeones, superando por un punto de ventaja a Nacional, que tuvo que conformarse con el subtítulo.
Finalmente las negociaciones se han concretado con una cesión para los próximos 18 meses en la que el Atleti se asegura una opción de compra que no es obligatoria. Además, Radio Marca es una radio especiaiizada en deportes, que ofrece abundante información sobre fútbol. El Club Atlético Tetuán mantiene una estrecha relación histórica con el Atlético de Madrid. En 2007 Atlético Nacional consiguió el bicampeonato. Esta fue la tercera vez que Atlético Nacional logró coronarse campeón frente al América de Cali. Ya en el torneo de segundo semestre, el club llegó a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de perder dos partidos claves frente al Deportes Tolima, 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín. En esa temporada, Atlético Nacional fue invitado para participar de la primera edición, allí dejó en el camino al América de Cali, Santiago Wanderers y Nacional de Montevideo para llegar a la final.
Atlético Huila. El primer partido, disputado en el Estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1-0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia. Atlético Nacional, por ser el subcampeón de aquella Copa Libertadores, se enfrentó al Saprissa de Costa Rica, campeón de la Copa de Campeones de la CONCACAF 1995, en partido único, jugado en la casa de los ticos. Además, como campeón de la Libertadores, tuvo el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, tercera equipacion atletico de madrid 2021 campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. Uno de los momentos más curiosos del verano llega cuando los equipos presentan las nuevas equipaciones para la próxima temporada. Los dos equipos derrotados pierden la categoría. Al comienzo de las primeras disputas futbolísticas en España la rivalidad con los catalanes no estaba tan marcada, ya que en aquellos momentos la disputa de los títulos era más reñida y por parte de un mayor número de equipos.